Нестор Максимович ввёл новые наглядные методы преподавания, первым в России начав проводить занятия на акушерском фантоме и применяя его для изучения механизма как нормальных, так и патологических родов, а также для обучения различным акушерским приёмам и операциям.

Амбодик издал множество сочинений, большинство из них переводные. Он автор капитального труда «Искусство повивания, или Наука о бабичьем деле» — первого российского руководства по акушерству, который считался лучшим трудом XVIII века в этой области. В «Искусстве повивания» он подробно описывает анатомическое строение женских половых органов и внутриутробное положение плода, признаки беременности, методику и значение акушерского исследования беременной и роженицы. По этому учебнику обучался ряд поколений русских акушеров. Многие положения, высказанные Амбодиком, были прогрессивными и не потеряли своей актуальности в наши дни.

«Искусство повивания» Нестора Максимовича также является первым руководством по педиатрии на русском языке. В пятой части этой книги даются определения доношенного и недоношенного плода, здорового и больного ребенка, имеются сведения об антропометрических данных ребенка. В «Искусстве повивания» дается классификация детских болезней.

Нестора Максимовича считают также основоположником российской фитотерапии. Он придавал большое значение лекарственным растениям при лечении многих заболеваний. Амбодик написал ряд трудов по медицинской ботанике. Ему так же принадлежит первое русское руководство по лекарственным растениям «Врачебное веществословие, или описание целительных растений» - первое обобщающее руководство по лекарственным растениям, включающее 134 оригинальных цветных рисунка.